割増賃金の支払の必要性

まず、振替休日と代休はまったく違います。前者は、使用者が「あらかじめ」「休日」と「労働日」を指定して入れ替えることを言います。後者は、休日に労働し、そのかわり労働日のいずれかに（労働者が）休める（使用者が）休ませる制度です。あらかじめの両日の入れ替えがありません。


> 4週間を平均して1週間の勤務時間が40時間を超えない範囲で勤務を指定しています。

これは、変形労働時間制といって労働時間の制度であって、おたずねの休日の制度とは違います。

休日は、最低週１日（週休制）、４週最低４日（変形週休制）与えねばなりません。

会社の休日制が後者を選択し、かつ労働時間の４週と同期させ、かつ法定休日の特定はなされてないとして回答しますと、

４月の１日からの４週において、（休めた）休日が４日確保されていれば、あとは労働時間の問題（日８時間週４０時間、変形労働時間制なら変形期間の総枠（２８日なので１６０時間））となり、いずれかをはみ出した、部分につき、法定賃金の時間外割増賃金支払（125/100以上）義務が発生します。

仮に、法定休日の特定がされており、２８日が法定休日なら、振替るのに４週の枠外の労働日といれかえできませんから、振替休日は成立せず、休日割増賃金となります。