遅刻・中抜けして残業した場合…

労働基準法上、割増賃金の支払い義務が生じるのは、法定労働時間（原則として1週40時間、1日８時間）を超えて労働させた場合です。

　行政解釈でも「労働時間が通算して1日8時間または週の法定労働時間以内の場合には割増賃金の支払いを要しない」（基初第573号）
「…割増賃金の支払いを要するのは、右の実労働時間を超えて働させた場合に限るものである。したがって例えば労働者が遅刻した場合に、その時間だけ通常の就業時間を繰り下げて労働させる場合には1日の実労働時間を通算すれば法第32条または第40条の労働時間を超えないときは、法第36条第１項に基く協定および法第37条に基く割増賃金の支払いの必要はない」（Ｈ．11．3.31基発第168号）としています。

　ご質問では、1日の所定労働時間が何時間かわかりませんが、８時間未満の所定労働時間が定められ、その所定労働時間を超える場合に割増賃金が支払われる場合でも、遅刻（中抜け）時間に相当する残業には割増賃金の支払いを要しません。

割り込みで失礼します。

レアケースですが、就業規則の定め方により割増が必要となる場合があります。
労働基準法に準拠した定めなら暁先生のご回答通りですが、例えば「18時以降の労働時間は割増」とのように起算時間の記載がされていると割増賃金の支払義務が生じることがあります。
大企業の規定を拾ってきてそのまま適用し、このようになっている例が散見されるので、念のため就業規則、賃金規程をご確認されて下さい。