裁量労働制下の長期休暇

おはようございます。

裁量労働制を採用されているということは、労使協定を結び、届け出を行っておられることかと思います。
控除の規定があれば、そのように取扱いしますし、規定がない場合、そのまま労基法が適用されます。
どんなに休んでも控除されないということは少し考えにくいです。

裁量労働制は労働時間の制度であって、それに対する賃金支払い形態は、5原則、割増賃金、最低賃金に触れなければ、労基法ほか労働各法は関知しません。就業規則に定めるところとなります。

年次有給休暇使い切ったところで、休職（無給）という定めは就業規則にないのでしょうか。