有給休暇時の給与体系について

有給休暇の取得した理由だけで減額されたのであれば違法だと思います。また、有給休暇の取得については使用者側に時季変更件が認められていますが、退職時については実質的に時季の変更が不可能なので、時季変更件も適用できないことになると思います。従って法的にはSHOP99さんの有給の取得のしかたには問題ないし、減額されたのは違法だと思います。しかし、退職時の有給取得は使用者側と十分に話あって双方が納得した上で取得するのが人道的だと思います。私の察するところ、15%減額されたということは使用者側にもそれなりの理由があったと思います。(業務に支障がでたなど)その点はいかがだったのでしょうか。

文面からみると、もしかしたら、給与の締め日が２０日ではありませんか。日給月給制を採用している場合は、日割り計算となりますので、2/16～2/20の給与は支給されません。
関係ないかもしれませんが、締め日と日給月給採用の場合においては、ありえるケースです。

削除されました

そうですね。私も、日給月給制なら考えられるケースだと思います。通常、有給休暇を取っただけの理由で減額はしないと思います。