一時期の変形労働時間

正味９時間拘束の８時間労働にかわりないのでしょうか。週６日勤務を要するのでなければ、事業の都合により勤務時間の繰り上げ下げをすることがある、という記述があればそれで対応できるのではと思います。

就業規則にそういった記述がなければ、就業規則の変更手続きをなしてください。
就業規則変更案を提示、
過半数組織労働組合、がなければ過半数労働者代表選出のうえ意見書徴取
所轄労基署届け出
となります。

ただ定型的に毎期発生するなら、その時間帯の始業終業時刻を記載しておくことをおすすめします。

３）については、ご理解のとおりです。支払規定の割増賃金の項目に言及がなければ、あわせて変更手続きされることです。

勘違いされていると思われます。

これは２つの始業終業時刻があるとのことであって、変形労働時間ではありません。

この場合
①就業規則に２種類の始業終業時刻を記載、具体的に時期が明示できるのであればその時期を、明示できないのであれば別途通知する旨記載、或いは始業終業時刻の繰上げ繰下げがある旨記載することが必要です。
②上記に同じ
③その通り

お世話になっております。

いつかいり様、きたがわ事務所様、ご回答有難うございました。
就業規則には「会社の業務上必要がある場合には、始業時刻及び終業時刻を変更することができる」と記載があります。
具体的な時間を記載するのは難しいのが現状です。
早朝作業の内容によって時期も様々ですし始業時刻が前後するからです。

社員に都度、別途文書にて通知する事で対応してまいります。
今後も何かございましたら宜しくお願い致します。

有難うございました。