通勤手当の変更について

①　合理的根拠があれば、必ずしも不利益変更として否定されないと思います。

②　「自宅から勤務地までの直線距離をベース」とするのは合理的とは言えません。通常の経路
　はそれより相当長くなると思われます。
　　「自宅から勤務地までの通常の経路による距離」をベースとすべきでしょう。

③　所得税の非課税通勤費の限度については、公共交通機関とマイカー等を乗り継ぐ場合は、両
　方を合算した額とすることになって居ます。
　　これに就いては、国税局のHPでご承知下さい。

④　国税局の非課税限度が絶対正しいとは言えませんが、「合理的な金額」を言う場合の一つの
　目安になるでしょう。

現在の御社の交通費の支給規定によるかと、思います。
現時点でも、マイカー通勤の 場合であれば、その距離に応じたガソリン代を支給するのであれば、正しい処理にしただけですから、不利益とはいえないになるでしょう。
ただ、現在の交通費の規定が、マイカーでも、公共交通機関の交通費と同額とし、とかであれば、不利益変更に該当する可能性があるので、個別に同意を得ることが、よいかなとは思います。




> 現在マイカー通勤をしている従業員に対しても、公共の交通機関を利用した額を通勤費として支給しています。
> 自宅から勤務地までの直線距離をベースとしたガソリン代に支給金額を変更しようと検討していますが、マイカー通勤を認めている地域は田舎のため、バスと電車を乗り継ぐケースが多く、シミュレーション上では大半の従業員が半額以下（減額一番多い者は1/4になります）となってしまいます。
> このような変更も不利益変更となるのでしょうか？
> ご教示お願いいたします。

これは第一に社内規定の問題であると思いますので、いわゆる通勤費における不利益変更の扱いとなるのかは疑問です。

まず所得税法の範囲でいう通勤費の扱いですが、実際はマイカー通勤であるにも関わらず会社の規定で公共交通機関通勤としてその額を支給することは、実費支給原則に反するのではと思われます。であれば、非課税枠等の適用も変わってくるのではと思います。これを本来の運用に変更するだけなので、法的に不利益と呼べるのか、と思ってしまうのです。

次に実際の運行距離ではなく直線で２点間を結んだ距離というのはどうも。

ほぼ直線距離と変わらぬ経路距離の道路があればいいんですが、相当ズレがある場合、再考するべきと思います。まあこれは社内規定の問題ですが。