一年間の変形労働制の給与計算について

休憩がきちんと１時間取得されているものと仮定して。
かつ、労使協定により時間単位の有給休暇の取得について締結していて、４時間としての有給休暇を取得したと仮定して。

法定であれば８時間までの実労働であれば時間外としての割増賃金は必要ないですが、深夜割増については支給する必要があります。時間単位の有給休暇を取得した日においても、実労働時間分の賃金は必要です。
但し、法定の時間内であっても就業規則により、その日の終業時刻以降の労働に対して割増賃金を設定しているのであれば、就業規則に従った割増賃金の支払は必要になります。



> 十時半〜七時半までの勤務で、朝１０時半より四時間有給を取り、2時半より１１時半までした場合は、残業なしの８時間勤務で計算するのか、七時半より１０時までは残業、
> １１時半までの深夜残業をつけますか?

割増分無しでの支払いとするかどうかは、御社の就業規則規定もしくは時間年休の労使協定次第と言うことになります。