休日出勤と代休

> 教えて下さい。
> 現在当社では休日出勤した分を休日出勤手当として支払い、仮に翌月に代休取得できれば、翌月給与から差し引くこととしていますが、経営側から「労使協定を結んで３カ月以内に代休取得できなかった分だけ休日出勤手当を支給したい」と言われています。
> つまり休日出勤しても、手当の支払いは３カ月後、それも代休未取得分に限るというわけです。
> 労使協定を結べば問題ないという主張ですが、本当にそうなのでしょうか。

こんにちわ。
失礼な質問で申し訳ございませんが、「振替休日」と「代休」の違い
をまずご存知でしょうか。
簡単に説明いたしますと、
振替休日は、労働日と休みの日をチェンジすることで、御社が土日休みだと仮定した場合、ある土曜日に出勤し、その出勤分をある水曜日
に振替休日をとったとします。
その場合は、土曜日は平日扱いとなり、所定時間労働した分は普段の平日と同じで時間外が発生せず、所定時間を超えた分だけ、まりまし賃金が発生します。
それに対して代休は、
休日出勤上で、休日を与えるという間がですから、
休日出勤した分に対しては休日割増が必要です。その後代休を取得
された場合は休暇分を控除することが出来ます。
式で表すと
125％－100％＝25％（この割増分だけは発生してしまいます。）

それを踏まえて、基本的には、同一給与内で「振替休日」「代休」を取得するようにされた方が良いと思います。
それが無理だとしても、休日出勤した分を、３ヶ月も放置するということは、労基法上問題ありだと思います。