就業規則で休職中の給与が6割となっていますが？

元々、傷病手当金は給与と調整されるものですよ？
この部分は変更されておりません。
改正前ですと、
給与が6割支払われた場合、その給与と傷病手当金の額で調整され、
結果として傷病手当金の支給額はゼロになります。
ですので、給与を6割もらって、傷病手当金も6割もらうというようなことはありえません。
改正後は傷病手当金の支給額が引き上げられたため、
同じ調整をしても、差額がゼロではなく約6％分になるというだけのことです。
したがって、ご質問の件に関しては、不利となるような点は何もありませんよ。

ご回答ありがとうございました。
治療が長期になった場合は、社員に有利と言ったのは、
治療が長期となった場合、
当社の規定では、休職期間1年上限となっており、
6割支給されますから、1年過ぎてから健康保険の傷病手当金を
請求すれば最長2年6ヶ月、6割支給されるという意味でした。
説明不足でした。

改正後は、3分の2になったということで、治療期間は予測できませんから、
比率の高い方ということで、傷病手当金を請求すると、
会社から60％、傷病手当から6％支給され、これが1年6ヶ月
ということになり、受け取る期間は短くなるということかな
と思った次第です。

これなら、就業規則の改正を要求して、会社からは支給しないようにして、
無給でも休職の期間を延長するなどしてもらった方が
いいのかなと考えた次第です。

再度申し上げますが、質問の説明不足でした。
ご回答いただきましたことで、私の要求が筋の通るもので
あることが確認できました。
ありがとうございました。