2箇所から給与をもらう場合の社会保険料について

> 2箇所から給与をもらうのは2008年1月、2月だけです。高額に徴収された源泉所得税について還付してもらう方法はありますか？（2008年12月の年末調整か確定申告のどちらで調整すればよいでしょうか？）

2008年分の確定申告を行うことになります。
http://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinkoku/shotoku/qa/02.htm#q01
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Ｑ１、Ａ（１）ハに該当するかと思います。
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> 2008年1月から2ヶ月間、2箇所から給与をもらいます。
> ちなみに社会保険は従たる事業所からは払っていないです。
> 社会保険料も年末調整か確定申告で調整できますか？

従たる事業所で社会保険料を徴収されないのは、被保険者にあたらないからです。
２ヶ月の期間限定雇用、そして恐らく労働時間及び日数（常用の４分の３以上）を満たしていないのでは？と思います。

従たる事業所において被保険者にあたらない（支払義務ナシ、諸給付の受給権もナシ）という前提で話を進めますが
ご質問が「確定申告の際に決定した収入で社会保険料に影響が出るのか？」ということでしたら
国民健康保険の保険料であれば前年の年収は関係してきますが
（主の勤務先で恐らく健康保険に加入されていると思うので杞憂と思いますが）
社会保険料の決算（年末調整や確定申告）はありませんのでご心配ないかと思います。