病欠？忌引き？

> 金曜日の朝、突如「本日、義父の通夜があるので帰ります」と従業員から申し出を受けました。午後から半休。
> 　ところが、翌週の月曜日から木曜日まで「ウィルス性胃腸炎」を患い、医者から外出を止められたとの理由でお休みを取りました。
> 　４日休んだうちの３日を忌引きに当てて出勤簿の提出を受けました。さて、この場合、本来、忌引き対象となるのは、金曜の半休部分のみ？でしょうか。

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ご質問内容ですが、慶弔規程で特別休暇の付与がありませんか。
となれば、通夜、葬儀は特別有給休暇の付与が必要と思います。
更に翌週ですが医師からの「ウイルス性胃腸炎」と診断がある場合には、出勤停止処置をとる必要があると思います。
他者への感染防止を取ることが必要です。
当然ですが、医師の診断書が必要ですね。
これも特別有給休暇の付与が必要と思います。
下記条文（５）ですね。

第○○条（特別休暇）
１.社員が、次の一に該当する事由で、所定の手続きにより休暇を願い出た場合は、特別休暇を与える。
（１）生理日の就業が著しく困難な女性が休暇を請求したとき（必要日数）
（２）出産予定の前６週間（多胎の場合は14週）および出産後８週間
（３）官公庁より出頭を命ぜられたとき（必要日数あるいは必要時間）（本人の不正行為によるときを除く）
（４）公民権を行使するとき（必要日数あるいは必要時間）
（５）伝染病のため交通を遮断されたとき（必要日数）
（６）天災・地変その他災害により特に会社が認めたとき（必要日数）
２.前項各号のうち、第１号および第２号は無給とし、第３号から第６号に対しては通常の給与を支給する。ただし、第２号の場合は健康保険法の出産手当金に移行するものとする。

ありがとうございます。
本人は、あくまで慶弔休暇を貫こうとしています。また、医師の診断書は、取っておらず、実際のところは闇の中です。診断書を取りに行くのに、半日時間を割かれるのも困るので、慶弔休暇扱いで処理することにしました。
毎月、繁忙期でも生理休暇を取る「自分に甘く他人に厳しい」社員なので、休暇は充分足りていると思われます。