特別会計について教えてください

はじめまして、どうぞよろしくお願いします。
財団法人にお勤めということですので、公益法人会計基準に従った処理ということですね。

今の時期でしたら、新基準（平成16年基準）に基づいた処理についての話になろうかと思います。
この場合、先ず最初に確認していただきたいことは、助成金を受ける際に「使途の制限」が有ったかどうかという点です。
ご承知のように、新基準では使途の制限された寄付金・補助金・助成金などについては「指定正味財産」という区分を設けて、その残高を把握する仕組みになっています。
これによって、助成金を支出した人の意図に反した使い方をしていない事を示すことが、支出した人に対する「受託者責任」を果たすことになるというものです。

次に、特別会計を設置するという手順になります。
これは、一般会計（通常は寄付行為に記載された、公益事業を処理する会計）と区分して資金や資産を管理する場合に設けられるものです。
例えば、一般会計では公益事業を、特別会計では収益事業を実施するなど、収支だけでなく資産まで区分する時に良く利用されるものです。
おそらく経理規定などに、「必要に応じて特別会計を設ける事が出来る」などの規定とともに、その決済などの手順が決まっていると思いますので、その手順に従って、特別会計の設置の承認をすることになります。

設置の承認の後、事務的には会計ソフトなどに特別会計の設定を行って、実務的な入出金処理が始まります。
おそらく、当初予算においては特別会計の予算が設けられていないと思いますので、時期を見て（予算の補正に合わせて）予算設定を行う必要も有ります。
とりあえずは、事務局側での先決（暫定）予算で走る事になりますね。

助成金の入金処理は、使途の制限が有る場合には、指定正味財産の受取補助金等の科目で、使途の制限が無い場合は一般正味財産の受取補助金等の科目（科目名称は実際お使いの体系に合わせてお読みください）で処理します。

支出の処理は、まあ普通の通りです。

期末において、指定正味財産で受け入れた場合には、支出額（固定資産を購入した時には償却費ベース）で、指定解除を行い一般正味財産への振替が生じます。

言葉足らずの部分は、会計基準などをごらんになってください。
至らない文章、失礼いたしました。