会社側代表者が異なる契約

契約におけ代表者についてです。

労働法は専門でないので、固有の規定があれば不明ですが、民法での契約の観点で言えば、会社側の代表者が誰であろうと契約の有効性には影響がありません。　ですから、万一　労務管理担当の役員でなかろうが、会長に代表権がなかろうが実際には仕事が出来ないひとだろうが、その人に決めたのは会社側の都合ですから、担当でないから契約は無効などということは出来ないのです。　また、契約後に、代表者が退任したり、変更しても、その契約自体は有効です。

ですからの会社側のメリットもデメリットも不明ですが、はっきりと言えるのは契約の有効性とは無関係な話です。
想像するに、会長が仕事をしている証拠にしたいのかもしれませんけれど、背景は不明です。

＞全く出社できるような状態ではありませんが、想像以上の上場企業並みの高額な役員報酬を支払っているようです。

この点がご不満だと思いますし、私も従業員ならば同じ気持ちになると思います。　但し、同族会社ならば、株主も役員でしょうから、その中で問題がなければ従業員として、どうこう言えない問題でもあります。
会社として、賃金の引き下げとか、解雇とか、厳しいリストラを進めているならば、その点では文句が言えますが、最終的に判断が出来るのは役員会であり、それに文句が言えるのは株主だけです。　従業員の持ち株会がなければ、手の届かない問題だと思います。