新型インフルエンザ感染予防の為の自宅待機時の派遣料金について

> その際、当該部署に在籍している派遣社員も対象になるわけですが、この場合派遣元への休業補償相当額の派遣料金支払いは必要になるのでしょうか？

それは御社と派遣会社の取り決めによると思いますので、なんとも言えません。
ただ派遣先（御社）都合で休業させるわけですから、その補填分は派遣元に支払うのが誠実な対応だと思います。
ちなみに休業手当そのものを派遣従業員に支払う義務は派遣元にあります。


> ちなみに社員に対しては、日数に上限を設けてはいますが有給の自宅待機となります。

これは会社として有給休暇を強制的に取らせているのでしょうか？
そうなら問題だと思います。
あくまで有給休暇の使用は労働者に選択権があります。

例外として労使協定による計画的付与がありますが、今回のような突発的休業ではそもそも強制取得は不可だと思います。
すみません、ここはあまり自信がありませんので詳しい方、補足をいただけるとありがたいです。

アドバイスいただきありがとうございました。

私も派遣元との相談のもと、休業補償相当額の派遣料金を支払う方が賢明であるかと思っております。

また社員に対してですが「有給休暇」ではなく、自宅待機時の給与を支払うという意味でした。
言葉足らずで申し訳ございません。