休業時の通勤交通費について

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> 会社より休業命令があり、従業員は5日間休業をすることになりました。
> その分、賃金も休業補償の60％支給になり、その分は仕方ないのですが、通勤交通費も5日間カットされてしまいます。
> 殆どの従業員が公共の交通機関にて通勤定期を購入しており、また新幹線で通勤している者もおり、5日間分をカットしてしまうと新幹線の定期が購入できなくなってしまいます。休業の際は必ず通勤交通費もカットされなくてはいけないのでしょうか？

こんにちわ。
通勤費は実費弁償を支払えばよいという考えがありますので、出勤されていない日については、支給しなくても会社としては問題はないと思います。

しかしながら、社員の方たちはおおよそ１ヶ月、３ヶ月、６ヶ月の定期券代を支給している会社が多いと思います。

一方で定期券代を支給し、一方で減額する時は１日の往復代をカットすると言うのはおかしいと思います。

定期券は買う月数にも寄りますが割引されていますので、定期券代＞（労働日－休業された日の往復交通費）となってはじめてその超えた額だけを控除するのは有だと思います。

賃金規程次第です。
通勤日が出勤日数で支給しているのなら控除してもかまいませんが、そうでないのなら控除する根拠がありません。
平均賃金は、労基法第12条中には「通勤費」等も含まれるとあります。したがって一般的には、休業手当は通勤費を含めて算出していると考えられます。ご質問では休業手当は60％とのことですので、すでに通勤費もカットされていることになり、このうえ別途通勤費を差し引くのは二重カットになりませんか。
休業というのは、あくまでも会社の都合で労働者の就労を拒否しているだけであって、欠勤ではありません。