通勤手当の過去分修正について

過去の修正は可能だったはずです。
正確な手続を行うために、次のように進めたらいかがでしょうか。

１．年末調整を再計算し、税額に変更があるか確認
２．修正の必要がある場合は、税務署に状況を説明
　　・過去何年分まで修正するか
　　・税務署への申告はどのように行うのか
３．本人へ説明し、還付

通勤手当は，労働基準法上の賃金に該当するため，労基法の賃金保護規定の適用があります。 しかし，ご質問のように，本来受けるべきでない賃金 （不当利得） についてまで法が保護する必要はなく，通常では翌月の給与での清算は可能と看做されています。
　た過払賃金の清算のための「調整的相殺 について，判例は次のような条件に該当する場合に認めています （最高裁判決・昭和44年12月18日＝福島県教組事件）。
1>過払いの時期と賃金の清算時期とが密接した時期になされること労働者に予告しておくこと
2>控除額が多額にわたらないこと
　また，行政解釈も，払い過ぎた分を翌月に差し引いて清算しても労働者の生活を害するおそれはないと考えられる場合には，賃金計算上の取扱いとして，労使協定がなくても労基法違反としては取り扱わないという立場をとっています （昭23・９・14基発1357号）。
　労働者の生活を圧迫するおそれがあるとみなされ場合には，労使協定を締結し，過払いに関する賃金一部控除規定を設ける等の手続が必要になるでしょう。
また、支給する側も社員への通勤手当支給に関しては年度設定で確認することも必要でしょう。ここ最近交通機関も経路変更、終了等も拝見しております。

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> いつも参考にさせていただいております。
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> 通勤手当について、非課税の上限まで非課税支給、それ以上の分を課税支給しております。
> このほど、非課税とすべき通勤手当のうち、一部が課税扱いとなっていた社員があることが発覚しました。
> 差額は月数百円ではありますが、4年近く前からの累積となっております。
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> 平成21年分については、12月給与でまとめて修正すればよいかと思いますが、過年分についても修正することは可能でしょうか？
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> お知恵のある方よろしくお願いいたします。