欠勤者の残業時間

1日8時間を超えた分は時間外割増が必要ですから、
割増分をしっかり割増計算しないと違法になります。
欠勤分は欠勤控除したうえで、残業分は別途割増計算して支払ってください。

ご質問の例で言うと、
残業が1日8時間を超える分で、かつ深夜帯でない場合、
法定どおりの割増率であれば、通常、
月給－（欠勤控除額×欠勤日数）＋（5時間×時間単価×1.25）
となります。
欠勤控除額の計算については、会社によって計算式が違いますので、
貴社の給与規定等をご参照ください。
（各月の所定労働日数から計算するケースと年平均の月所定労働日数から計算するケースでは額が違ってきます）

なお、1年単位もしくは1ヶ月単位の変形労働時間制を採用している場合は、
時間外とみなす範囲が少し違いますので、
その場合は再度ご質問ください。