時間外手当と遅刻控除の算定について

結論をいうと問題あるように思います。

問題あると思われるのは、時間外手当の時給計算基礎（基本給÷月労働時間）です。
割増賃金を支払うにあたっては、その算定基礎の中に、一定の要件を満たした場合に支給している手当の類も含める必要があります。例では、役職手当、家族手当、資格手当、皆勤手当などが該当すると思われます。
レアなケースでしょうが、距離に応じない通勤費（全員一律で一定額であった場合）も算定に含める必要があったように思います。

詳しくは労働基準法37条、同施行規則の19条～21条に記載あると思いますので、ご参考になっては如何でしょうか。

一点だけ注意点ですが、上記の手当ての類は、その支給要件によっては算定基礎賃金に含めなくてもよい場合があるようですから、労働法の解説書などの参考書があれば、よく確認していただくようお願いします。