まず原則論を回答します。
ここでいう復職プログラムは精神疾患等で休業し、その後復帰する際に行われる訓練等を指していうものでしょうか。そうだとして回答します。
復職プログラムは、会社が従業員に命じてさせるものですから就業規則に規定が必要です。また一般には労働とは扱わないため賃金は発生させないのが通例です。あっても通勤費だけです。
その上で、工賃が発生する、とあります。どこからどのような基準・根拠で支給されるものでしょうか。もしそれが労働だとして1時間以上の作業であれば最賃法に抵触する可能性があります。
質問からの状況だけでは何とも言えませんが、プログラムに対する根幹からの再確認が必要と思われます。