交通費に関して

取り決めがなければ民法の規定が適用されます。

すなわち債務者（労務提供者）が、債務をはたす（労務提供場所へ出向くこと）うえでの出費は債務者もちです。通勤の時間と費用は債務者もちです。通勤時間は労働時間ではなく私的時間であることからもわかります。

合意したとりきめが解釈にもよるでしょうが、バス2km以内はださない、であればそうなります。

> 私の会社では2km以下は通勤手当はでません。それはしかたないとわかっていますが、通勤に関してはもっとも安いルートで計算されます。
> 自宅から駅まで2km以内であれば徒歩扱いです。そのうえ駅から会社までも通勤費はでません。（1.9km）
> 支払ってもらっている通勤費でスムーズな通勤はできず、駅からバスに乗ってるので自腹です。
> 乗り換えの分までも2ｋｍ以内は通勤費はカットされるのでしょうかされるか

こんにちは。
windy23さんの場合は、自宅から駅が２ｋｍ以内であっても、家から会社は２kmは超えるのではないでしょうか。（超えなければ規程どおりでしょうが。）超える場合は支給されるべきだと思います。

勘違いされてる方が多いのですが、交通費・通勤費というのは会社側は支給の義務はないのです。
実際、通勤費支給無しという会社はザラにあります。
支給してもらえることにまずありがたみをおぼえなければいけません。

支給している会社にはそれぞれ独自の規程があります。
windy23さんの会社は2km以内支給無しという規程だとのこと。
自宅から職場まで2km以内なのか、一区間2km以内なのかで異なってきますが、いずれにせよ会社の規定に従うほかありません。

> そのうえ駅から会社までも通勤費はでません。（1.9km）

> 乗り換えの分までも2ｋｍ以内は通勤費はカットされるのでしょうか

windy23さんの質問から察するに
（自宅）--2Km以下--（A駅）--2Km超--（B駅）--1.9Km--（会社）
で、A駅・B駅間の定期はお持ちなのでしょう。
通勤は、（A駅）から（会社）までとなるので、2Km超となるので、A駅・B駅間の電車からバスへの乗換が認められないものか？ということではないでしょうか。

他の方々のコメントもあるように通勤費は御社の取り決め次第ですので、駅から会社までのバス乗車についての費用が全員に認めていないのであれば、従うよりないと思います。