残業代の計算方法？

> 有給をとって休みをとる従業員が、その休み中にたまった仕事を公休日に出勤してこなした場合、割り増し賃金計上してを支払わなければなりませんか？また、こちらで勝手に振り替え出勤にしてはいけませんか


公休日の出勤が、会社の規則に定められた手順や承認無く本人が勝手に出て来てやっているのであれば、そもそも賃金を支払う必要もありませんし従って、休日も与える必要はありませんから振り替える理由もありません。
公休日の出勤を認めた（又は命令した）のであれば当然支払わなければならないでしよう。

推測するに、有給使って休んで、無給の公休日に休日出勤して賃金払うのは認めたく無い。との事と思いますが、それでは仕事を完璧にこなして休日出勤をしない人間に限り有給取得を認めるといっているようなもので、労務上問題があるように思います。

どうしても賃金を払いたくないということであれば、

公休日の出勤をあらかじめ命じておき、公休日出勤のかわりの休日を改めて指定しておくほかないと私は考えます（休日の振替を行っておくという事です。）

どちらにせよ既に取得された有給をその後出勤した公休日と振り替える処理は、認められないでしょう。

有休は「ゆっくりと休む」権利ですから、結果休出を有休扱いにして稼ぐなどという破廉恥な行為は止めさせるべきです。具体的には休出を認めないことでしょう。それで仕事が遅れ、その結果降格されてももそれは本人の選択ですから致し方有りません。総務が会社と当人の仲を取り持つ必要はないと思います。そんなことをすると双方から恨まれますよ。