営業職の勤怠管理 ・事務職の残業開始時間について

おはようございます。

残業があろうがなかろうが、労働時間の管理は必要です。
そのため、①の形式は問題が大いにあります。

一方、②ですが、18時までは休憩時間で仕事を一切しないのならば問題ありません。
しかし、業務を継続していた場合は割増手当の支給が必要になります。

こんにちは。
> ①弊社の営業職には残業が一切つきません。
> ですので出勤簿も出退社時間を記入する欄はなく、カレンダーようなものに出勤した日は押印し、その他有休や休出などは各日数を記入する欄が設けられています。
> この形式の出勤簿は問題ないのでしょうか？

問題有ります。

> ②事務職の出勤簿はエクエルで、自分で出退社時間を入力する形式になっています。
> 始業8:40　休憩45分　終業17:20なのですが、
> 18:00からしか残業はつけないよう言われています。
> この場合、17:20～18:00までは休憩時間という認識で、違法にはならないのでしょうか？

御社の規模が不明ですが、就業規則はありますでしょうか？
就業規則に休憩時間の件が記載されていて、周知徹底していれば問題ないと思います。

休憩時間に上司にバレない様に仕事していたら残業扱いにならないでしょうが、そんな人いないでしょうねｗ
黙認されていたら休憩時間であろうとも残業と認めないといけないと思います。