産休・育休中の賃金台帳について

> 産休・育休中の賃金台帳について教えてください。
> 社員で昨年12月の半ばから産休、3月半ばより育休に入ったものがおります。
> 12月に冬ボーナスがでたため、そこで1月～2月分の社会保険料を徴収しました。（12月分は12月給与で控除しました。また、当社給与ソフトを使用し給与計算をしていますが、1月～2月分控除時は社会保険料欄ではなく、その他欄で控除した為、昨年年調分には含まれていないと思います。）
> その後1月から給与が発生しなかった為、特に入力はしていなかったのですが、育児休業給付金支給申請書で賃金台帳が必要とわかり、賃金台帳を作成しようと思うのですが、3月より社会保険料は免除となる為、全部の欄が0円でよいと思います。そこで1月～2月の賃金台帳も作成しようと思うのですが、給与は支給していないので支給は0円、社会保険料の欄は保険料を入力しマイナスの値のままにしておいてよいものなのでしょうか？
> わかりにくく申し訳ありませんが、教えていただきたくお願いいたします。


ほぼ素人実務者なので、経験の範囲ですが。。
参考までに


控除した「その他欄」でマイナス入力できませんか？

社会保険控除　　△△△円
市民税　　　　　×××円
その他控除　　ー○○○円

控除合計　　　　　　0円
支給合計　　　　　　0円

このような処理で受理されたことがあります。
（実際に控除したボーナス月の台帳も説明のために必要でした。）

ちなみに
育児休業給付金支給時に「休業者の賃金台帳がだせない」と言ったら、賃金台帳（と出勤簿）の代わりに会社の証明書で受理される場合もあるようです。問い合わせてみる価値はあると思います。

hidesanさん

ご回答ありがとうございました。お礼が遅くなり申し訳ありません。
上長に相談し、教えていただいたような処理をしたいと思います。
ありがとうございました。