有給消化をすると、給料は基本給のみになりますか？？

退職、お疲れ様でした。

> 実質６月の最後の週から、有給消化をしていたのですが、今回最後の給料をもらい唖然としてしまい、相談させていただきました。


有給休暇の意味合いは給与（多くの場合基本給）を支給される休暇、ということです。


> 私はサービス業で働いておりました。基本給意外にも、業績給、営業手当、歩合などありました。
> 今までの給料から約１０万程の差が今回有り、有給を使うとこんなにも差が出るのかと、不安になりました。
> よく見ると、６月の有給消化分も業績給、営業手当から惹かれていました。
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> これはもう、しょうがないのでしょうか？？


お勤めであった会社の給与規程等を良く読まないと分かりませんが、7月中はもちろん、6月度中の途中から休暇（有給休暇）を取得し就業はしていないのであれば、業績給、営業手当、歩合給はむしろ支給される方が不自然です。
6月分は応分の支給が有っても良いとは思いますが。


> 又、今までも私のいた会社はこれは正しいのか？ということが多くあり、それも相談させていただきたいと思います。
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> ・有給を月１回でも使うと、ボーナスから１０万マイナス。２年間有給を使わなかったら１０万マイナスはされない。ただ、ボーナスに反映されているかは、明細には書かれていない。
> ・現在の求人募集には、８時間労働と書いているが実際は９時間以上労働。出社は９：３０～。（規定で９：３０以降出社を３回すると降格（給料下げる））１０：００～労働規定時間。１２：３０～１３：３０休憩（取れない場合もある）。１３：３０～２０：００まで、が労働規定。２０：００～終礼を行う。（すぐには帰ってはダメ）又、サービス残業。１時間くらい。
> ・人手が足りないということで、勝手に月の休みを繰越に。
> ・人手が足りないということで、退職希望は基本、半年以上前から受け付ける。
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> いろいろと不満があり、書いてしまいましたが労基などに相談したほうがいいでしょうか？？
> よろしくお願いいたします。


上でお書きになっていることは随分キナ臭い内容ですが、それが「あなたのご理解」なのか、「就業規則・諸規程に書いてある」ことなのかが判然としません。
また、有給休暇と欠勤がゴチャゴチャになっている懸念があります。

お辞めになってからでは難しいことと思いますが、まずは会社の給与・賞与規程等を良くお読みになったほうがよろしいと思います。お友達がまだそのお会社に残られているなら、規程集などを読ませてもらうのも一案です。（但し、その場合はお友達に迷惑＝守秘義務違反＝が掛からないよう、配慮は必要です。）

定めたルール通りに給与・賞与が支給されており、そのルールが労基法他の各種法令に抵触していなければ、労働基準局に駆け込むことは無駄足になるかもしれませんね。

いまさらこんなことを言うのは酷でしょうが、退職を決め、長い有給休暇取得（消化）に入る前に調べておくべきでした。
次の就業先では「抜かりなく」調べましょう！