休職と年休の優劣

おっしゃる通り、年休は労働義務がある日を対象に、その労働の義務を免除する制度ですから、年休の請求受けること自体理論上、矛盾することになります。
ではどうするか。行政通達では次のように示しています。
「休職発令により従来配属されていた所属を離れ、以後は単に会社に籍があるにとどまり、会社に対して全く労働の義務を免除されることとなる場合において、休職発令された者が年次有給休暇を請求したときは、労働義務がない日について年次有給休暇を請求する余地のないことから、これらの休職者は、年次有給休暇請求権の行使ができないと解する。」
（昭３１・２・１３　基収第４８９号）

早速ありがとうございます。

基収第４８９号については承知しており、休職処分後は年休をブロクできるのは分かっていました。
お尋ねしたかったのは、休職処分を出す前に、相手が年休請求した場合です。
たとえば、１２月１日から３月間の休職処分をしようとしたら、休職処分の前に、１１月２０日に、１２月１日から２０日間の年休申請あった場合です。つまり、先に年休の申請が出された場合です。

私見も交じっていることをお断りして、

休職処分が発効するには会社が決めただけでなく、相手方に知らしめて了知させなければならないのは、解雇と同様でしょう。

解雇と違う点は、雇用関係が継続するということです。解雇日まで日にちがあり年次有給休暇を行使されば、解雇日まで出勤させることができずそれまでです。しかし解雇日の翌日からは、雇用関係が消滅し年休行使の余地もありません。

しかし、休職は雇用関係が継続する以上、先になされた年次有給休暇は労働者の権利ですので、使用者の時季変更権であらがうこともできず、労働者指定した期日の翌日からの休職発令とせざるをえません。