有給から代休への変更を会社に強要されるのは合法？

違法ですね。労働者に年次有給休暇行使された使用者側に認められている対抗権は、時季変更権。詳しくはこのサイト（またはネット）で検索いただくとして、早い話、この日は出てこい、ということです。後出しで代休に置き換える権利は、使用者にありません。

それと、休出した分の割増賃金はその月ごとに支払われているのでしょうか。そちらのほうがもっと気になります。休出した同一週のうちに代休がつかない限り、時間外や休日労働の公算が高く、法定賃金である割増賃金支払義務は消滅のしようがないのです。

回答ありがとうございます。

どうにも引っかかっていたことが分かりすっきりしました。
時期変更権、勉強させてもらいました。

>それと、休出した分の割増賃金はその月ごとに支払われているのでしょうか。そちらのほうがもっと気になります。休出した同一週のうちに代休がつかない限り、時間外や休日労働の公算が高く、法定賃金である割増賃金支払義務は消滅のしようがないのです。

以前、労働基準局の監査で不払いがどうこうと過去数ヶ月分の手当については支払いがあったのですがその後元に戻ったようで現在は支払われていないようです。
法に抵触しているのでは…と思っていましたが代休になることがないので特に気にしていませんでした。短絡的だったと感じております。

とてもわかりやすい回答で助かりました。ありがとうございます。

> 以前、労働基準局の監査で不払いがどうこうと過去数ヶ月分の手当については支払いがあったのですがその後元に戻ったようで現在は支払われていないようです。

１度監督官庁の出入りがあったのなら、再度入ってもらってください。送検を視野に、お灸をすえてくれますので。

回答ありがとうございます

> １度監督官庁の出入りがあったのなら、再度入ってもらってください。送検を視野に、お灸をすえてくれますので。

そうですね。
一度入ってもらえるようにしてみます。