時刻の定めのない休憩

> ①昼休憩は時刻を定めなければいけなかったように思うのですが
> 　そのほかの休憩は時刻を定めなくても違法性はないのでしょうか？

労働基準法の休憩は、原則一斉に与えなければならない。。。としているだけで、時刻を定めているものではありません。
一斉に与えるために、時間を定めることが必要になるため、昼休みは12時～1時の1時間と定めることになります。
その他の休憩時間においても、一斉に与えなければいけないので、
Ａさんは、10時から。。。とかＢさんは10時30分～ということはできません。
よって、全従業員が10時から15分間の休憩をとる。。。ということを定めなければいけなくなるでしょう。

ただし、労働者代表又は労働組合との労使協定がある場合は、一斉に与えなくてもよいことになっています。交替で取らせたり、順番に取らせたりすることができます。
御社は、昼休み以外の休憩を自由に取ることにたいして労使協定をしているということになります。顧問社労士がいらっしゃるようですから、確認していただくとよいでしょう。

> ②これは30分ぶんの賃金未払いにならないのでしょうか？
> 　規則に定めた休憩を取らせない(取っている認識のある社員がいない)のはおかしいですよね？

休憩時間は、自由に利用させなければならない。。としています。
お茶を出す＝休憩をするための業務であれば、その時間は勤務時間になるでしょう。
お茶を飲んでいる時間＝自由にできる（トイレ休憩や、一服休憩、ちょっとした外出などなど）
のであれば、そちらは休憩時間だと思います。また、雑談の時間を休憩時間としても
1分単位で休憩を取らせているというものでは、それは休憩とは言えません。ある程度、疲労回復が図れる、気分転換できる時間が必要とも言われています。

> ③どうにか解決策2案どちらかにしたいのですが、いい誘導の方法はないでしょうか…

一斉に休憩を取らせるのであれば、時間を定めておかなければいけないでしょう。
自由に取らせるにしても、誰かが指揮をとって休憩を確実に取っているという時間管理が必要になると思います。

社労士さんがいらっしゃれば、御社に合った休憩の取り方をいくつか提案していただき、社長と労働組合又は労働者代表と話し合わなければいけないでしょう。

未払い賃金にたいして、御社の労働環境がはっきりとわかりません（休憩と言われている時間がどの程度あるのか、一切休憩をしていないと言い切れるのか）ので、社労士に相談してみてください。
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