給料計算の間違いを訂正できないと言われました

労務のほうでレスしようとしたら、投稿が削除されてこちらへ来てました（笑）
相談者さんが直ぐに気が付かなかったのも問題ですが、それは不問として…
（ミス発覚第一段階）

単純に会社側のミスでしょうね。
未払い賃金として労基へ相談すればよいと思います（但し、総務との軋轢は避けられないが…）
そもそも、時短勤務となると、貴方と総務だけで決められる話ではなく、貴方の労働時間を直接管理する上司もそれを認識していないとならなくなります。
（ミス発覚第二段階）
それとも、労働者と総務担当者だけで労働時間を決められるシステムになっているのでしょうか？また、変更書類の提出は必要ないと言われたとしても、貴方の上司は何と言っているのでしょうか？

＞変更したときの書類等がなく、変更した証拠？がないので訂正はできないと言われてしまいました

『8時～15時』　　→　　『9時～15時』　に変更した書類自体もないわけですよね。

となると、基本データ変更が、そのように簡単にできるものかが問題となります。
つまり、不正も簡単にできるシステムになっていると言えますね。
データー変更も入力者担当者ベースではなく、必ず、決裁権限者の承認決裁が必要でしょう。
人間は必ずミスをします。ですから、複数の目を通す作業システムにしないとなりません。
データー変更前と変更後で誰が変更したのか調査すれば、データー入力変更した者の責任は問えることになりますが、まあ～入力者の責任逃れでしかないでしょう。
遡及金額も１５万円以上となると、担当者も逃げたくなるのはわかりますが（笑）…

なお、育児時短勤務者の残業というのは、その性質から好ましいことではないです。
管理の立場からいえば、その者の労働時間は特に管理を必要とするわけで、その原因・理由も把握しておかないとなりません（ミス発覚第三段階）。
単に残業申請がなされていなかったという問題ではないですよ。
結局、皆が職責に忠実でなく、多重の人為的ミスをおこしてしまった…
個人的には、そのように考えます。






> ただいま、育児休暇明けで時短勤務をしています。
>
> 育休明けは『8時～15時』の6時間勤務をしておりました。
> 途中から、時間帯を変更させていただき、『9時～16時』の6時間勤務になりました。
> この、変更の際に、総務に確認をしましたら、
> 時間帯は変更しても勤務する時間は変わらないので特に書類は必要ないとの返答だったので、
> 特に何も提出はしていません。
>
> そのまま半年ほど勤務しておりましたが、
> 今になって、時間帯を変更したときから、
> 基本勤務時間の設定が『9時～15時』の5時間勤務という形になっていたことが分かりました。
> 実際は9時～16時で働いておりましたが、基本時間の設定外の15時～16時は残業という形になり、残業は、残業申請をしていないとつかないため、毎日１時間分損していたことになります。
>
> 支店長に相談し、総務に確認をしてもらいましたが、
> 変更したときの書類等がなく、変更した証拠？がないので訂正はできないと言われてしまいました。
> データの出勤簿を確認すると、基本の時間帯が変更されているのは明らかなのですが･･･。
> たしかに、口頭でしかお話をしていないので、言った言わないの話になりますし、
> もう泣き寝入りするしかないのでしょうか･･･。
>
> 計算したらざっと15万円以上不支給で、納得がいきません。

たしかに貴社担当者のミスが主因だと考えられます。

しかし一方、所定労働時間が５時間となっていて、１時間多く働き６時間となった場合の１時間は残業時間と扱われるのでしょうか。更に育児短時間労働を適用している者には、残業をさせないと規定していることが大半です。その２点を就業規則・育介規程で確認してみましょう。