報酬，費用弁償の違いと税処理

> ずぶの素人です。これまで福祉法人で費用弁償として理事に支払っていたものが（年に数回程度で1回の会につき１万円），当局の指導で評議員委員会で額を決め承認得て，報酬として支給しなさいと言われました。
> 税制上はどの様な処理、自分で確定申告してもらうのか？など教えて下さい。

いまいちはっきりしないのですが。。。

費用弁済として今まで払っていた内容（理由）は何なのでしょう？
そして、それを報酬にする？というのは、何の目的の報酬なのでしょうか？

報酬にも種類がいろいろありますので、目的を確認してください。
理事報酬（役員報酬）なら、給与です。扶養控除申告書の有無によって源泉徴収がひつようです。
それ以外の報酬なら、報酬の内容によって源泉徴収が必要かどうかが変わりますので。。。
税務署に確認されるとよいかもしれません。