完全歩合制で給与が少なくなる場合の補填

結局何が聞きたいのかよくわかりません。

> 計算上、完全歩合制のほうが残業の割増賃金が少なくなります
> 現在は固定給+固定残業代であわせて30万円ですが
> 完全歩合にしてしまうと、給与にばらつきがでてしまいます

→歩合制とはそういうものです。なお、完全歩合制といえども雇用契約の場合は最低賃金の保証などは必要です。

> 例えば担当業務の売上の20%が歩合給になる設定のとき
> 計算結果が20万だったとき
> 10万を保証として払うとどうなるでしょうか？

→つまり、10万円は固定分、20万円が歩合により計算した分ということでしょうか。一般的な歩合制で考えれば、30万円の支払いになるでしょうね。
固定分が10万円で足りているのかは労働時間等によります。

最低時給1000円保証とするとよい、というアドバイスをした方と話をつめればよいのではないですか。