給与支払いミス・・。（7年間も・・。）

残業代が増えたような感じで処理したらどうでしょう。

あと７年分を給料ではらうのではなく、２年分を給料に、
５年分を賞与に乗せるというのがいいと思います。

というのは、給料は、２年で権利が消滅する（時効）
でも、会社が社員に対する倫理的同義的な支払いには時効はない。でも法的な義務もない。

金の性格としては、
２年分の１万２千円は債務（未払い賃金）ですが
５年分の３万円は寄付（恩恵的付与）なんですね。



随時改定にひっかからなければ社会保険料は変更を考える必要はありません。
所得税は実際に支払ったものについての対象になるので、これも特に考える必要はないでしょう。

具体的には、
１万２千円を給料に一回上乗せ。
３万円を賞与に一回上乗せ。
基本給を５００円アップ。


あと、よくある話なので、恥ずかしくはないです。

むしろ過ちを自ら正して、正しく戻そうとされている
みかんれもんさんの姿勢は立派だと思いますよ。