1年単位　残業手当

法が求めているのは、法定を超過した時間部分に対し、割増した時給単価を支払えといっています。が、法定におさまった部分に対しては、法は何もいっていません。

どう支払うかは、御社の就業規則（支払規定）をどう解釈するかです。通達は役所を拘束しますが、それを意に介しない民民契約を結んでいても役所は手も足も出ません。まあ、ひどい取り決めであれば、公序良俗といった法理で裁判官は裁きますが。

（補足）
１年単位でもう少し付け加えると、時給制なら、働いた時間通り支払えばよく、月給制なら、（ご質問とはずれますが）１日１０時間週５日で４週（ほんとは限度３週だがここでは無視）の月２００時間の所定労働時間はたらいても、いつもの月額をはらえばいい。なぜなら、閑期月１００時間の月給も同額だから。

ご質問の所定を越え、法定におさまる部分は、法は関知しないということです。もちろん、日、週、変形期間（年）で捕捉する時間外労働時間を把握しなければならないことは、いうまでもありませんが。