衛生委員会について

ご参考のHp添付しておきますが、
「産業医、衛生管理者は、事業者が委員を指名することとされています。」となると、会社側との認識となるでしょう。
１この点からは、会社側数は社長１、産業医１、衛生管理者２、会社代表２＞６名、両者同数が必要ですからやはり増員が必要でしょう。

安全委員会、衛生委員会（又は両委員会を統合した安全衛生委員会）の設置

http://www.mhlw.go.jp/new-info/kobetu/roudou/gyousei/anzen/dl/0902-2a.pdf

２名の衛生管理者を指名されているので、社員数は２００名を超えているのでしょうか？社長が議長をされているのであれば、あまり大規模な会社ではないものと推察しますが、衛生委員会をあまり大人数にすることは得策ではないようにも思えます。

社長を除いた人数のうち、半数を労働組合または労働者の過半数を代表する者の推薦に基づき指名しなければならないとなっていますので、６名ではなく、５名必要ということですね。
あと２名増員する、ということも対応策の１つと思いますが、冒頭に書きましたが、皆さんお忙しいでしょうから、あまり委員会の人数を増やすのもいかがなものかと思います。１０名以上は多すぎるのでは？
なお、議長を除く人数の半数を従業員側の推薦に基づき指名、ということですから、衛生管理者２名のうち、１名を従業員側から推薦すれば形として現在の３名と合わせて半数が従業員側の推薦になります。あるいは、会社代表を２名から１名にする案もあるかと思います。
ところで労基署の担当官から指導を受けるに到った経緯が気になります。通常、税務署のように突然査察があることもないと思いますが、御社から相談されたのでしょうか？