エグゼンプト

秘書は、その性格上、第４１条第二項の機密の事務を取り扱う者、とみなされて法律上は問題が無いものと思われます。
　労基法の解説書等を見ても、この「機密の事務を取り扱う者」の例として秘書を挙げている例が多くみられます。

　ただ、秘書は、そういった残業手当がでないかわりに、役員と一緒に行動する、時間的な制約やほかの労苦（たとえば夜遅くも接待等で同行しなければならない等）を鑑みて他の手当や通常の事務職に比べて高い基本給にする、という配慮をしているところが多いのも事実です。
　
　秘書といつつも会社の機密（書類・電子メール・電話・ファックス・会話等、秘書の立場でなければ触れることのできない情報）に触れることなく、単純にお客様がきたらお茶を出す、電話を取り次ぐだけとか（この言い方は古いかもしれません）というのであれば、形式上は秘書という立場でも、法４１条の規定を満たしませんので、時間外手当の請求は可能になるでしょう。