割増分だけ払う、というのはどの部分のことをさしているのか不明瞭ですが、
時間単価1.25倍(法定休日労働1.35倍)の支払いを要するのに、0.25(同0.35)部分を払って済ましている、ということでしょうか?
1.00部分が未払いなら、違法となっています。
0.25の支払いでいいのは、同一賃金計算期間において、休日労働と代休がある場合、1.25(同1.35)支払をし、かつ1.00控除するので、結果的に0.25(0.35)の支払いと見かけ上なるだけです。同一期間内に代休の有無にかかわらず支払はあくまでも1.25(同1.35)です。