御社と請負会社の従業員との間には雇用関係がありませんので、
仰る通り、御社と請負会社との間で取り決めをし、
請負会社の従業員には、請負会社から支払うようにするとよろしいかと思います。
その場合、会社同士の民事契約ですので、
御社に関しては、労働基準法上何らの問題はありません。
但し、あくまで臨時報酬として扱うのか、
名目上は報奨金でも実態は定期賃金に近いものなのかで、
請負会社が従業員に支払う「賃金」に該当するかどうかが変わってきますので、
雇用管理上、請負会社の方に注意が必要です。
ご不明な点等ありましたら、また追加でご質問下さい。