フレックスタイム制と（法定）休日労働

・週の起算曜日の特定はされていない
・法定休日が曜日特定されていない
・４週４日の言及がない（もちろん４週の起算日もない）
・いずれの休日労働において３５％割増賃金支払い規定もない

と、いう前提でお答えします。

ご質問のうち、振替については、従業員指定であっても休めそうな日は、上司よりも本人がわかってる便宜上のそれであって、使用者からの業務命令の形をとります。もちろん休日と労働日は「あらかじめ指定」であることが、代休と違う根本的な要件です。これをみたしていなければ、たとえば後付け指定など、代休でしかありません。

次に、１週間（７日）連続勤務は、日曜起算で判定します。週をまたげば、別の週であって、それぞれの週に休めた休日があれば、法定休日を満たしたことになります。

仮に日曜から土曜まで勤務したとなれば、法定休日の曜日特定していないので、土曜勤務時数がフレックスにカウントされず、法定休日労働となります。

振り替えにおいて予備的に４週を唱えることは可能ですが、それでも固定された４週起算日の規定が必要です（例：2010年1月3日（日）起算）。恣意的にとった４週など無意味なため。

それがなければ、法定休日において同一週の振替が必須でしょう。考察するに、日曜既に勤務しており、土曜も働かねばならない場合、同一週の金曜までの日を指定して先に休ませる、そういった運用になるでしょう。

有効な36協定があり、法定の割増賃金（135％）支払われている場合、法定休日労働させた日は休ませたと同値になります。フレックスの月間労働時数にはカウントしません。一方法定外休日労働のほうは、月間フレックス労働時数にカウントすることになります。