勤務地による休与・手当の格差について

同じ会社に勤めていても、人によって給与は違うものですから、給与の格差については、問題ないでしょう。

ただ、出先に赴任する社員への優遇の制度が不具合を生む、点は当然起こりうる問題です。
ただ、特別、法的に違法な点は起こりにくいですので、その辺りは大丈夫でしょう。
しかし、本当の問題は、不公平感だと思います。

地方に本社がある、という事からも、都会の人を現地採用して、赴任者より給与が低くてよいものか、というような思いもあるかもしれません。

業績が好調のようで、会社が伸びているようですので、
ここは、賃金制度の再構築が必要な時期なのでは、と思います。
今までは、小規模な会社で、昔からの賃金制度でやってきたけれども、それではバランス面とか相場からかけ離れてしまっている、要するに会社の現状に、人事労務システムがマッチしていない状態なのではないでしょうか？

参考になるホームページなど、という事ですが、このようなケースは法的に定めがありませんから、どこかの会社の制度を見るくらいしかできないでしょう。

ただ、それで、貴社の問題が解決できるかどうかは疑問です。

ここは、お近くのコンサルティングのできる社会保険労務士に、顧問契約または期間契約で、依頼するのがよろしいかと思います。
社労士には手続き業務しか行なわないような方もいますので、ご依頼時にはきちんと確認してください。
なお、当事務所でもお受けできます。
※ただし、東海３県本社に限ります。
http://www.geocities.jp/igarasi001/index.html
イオン社労士事務所ホームページ