フレックス過不足清算について

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日高先生と重複する部分がかなりありますが、

御社の就業規則（賃金支払規定）がどうなっているのか詳細がわかりません。フレックスタイム制は、労働時間の制度であって賃金支払いについては述べておらず、最低賃金法、労基法の法定賃金（時間外、休日労働の割増賃金）に触法せず（刑事上）、支払規定を満たして支払っているか（民事上）の判断となります。

質問２)の前提として、前月不足時間分の賃金を控除せず所定賃金満額支払い、不足時間を当月に働くことを要求した、ということでしょうか。

足しこめる時間は、暦日数から求まる法定労働時間（清算期間の暦日数×４０÷７）から引くことの当月の所定労働時間（協定時間）との差までです。それ以上の不足があっても労働を要求できません。その部分に御社規定で0.25倍のみ支払（1.00部分は前月控除せずに支払い済み）でよいものの、法定労働時間超えた部分は、前月支払済みでも1.25倍以上の支払を要します。

ご回答ありがとうございました。

大変参考になりました。
ご回答いただいた内容をもとに、社内で再度検討いたします。