交通費について

定期券は月単位なので今回の場合、鉄道会社に持って行っても返金されません。
社員の方も辞めてしまえばこの定期券は不要になるので定期券を会社に返却して終わり、
月単位で残っていれば鉄道会社で精算してそのお金を会社に返却で終わり。

普通の会社ならこれでＯＫなんですが。

社員都合で辞めるのでその分その社員に負担させたいなら職務規定などを予め設けておくべきでしょう。定期券はそのようなリスクがあるのは分かっている事なので。

この内容では判断ができません。

交通費の支給は、購入時の支払いですか？
それとも、後払いでしょうか？

それによってアドバイスが変わりますが？

定期券の解約計算方法はご存知ですか？
１ケ月単位ですので、１２月分の解約金額はゼロです。
本来日割り計算をされると思いますが、規定では
どうなっているのでしょうか？

単純に定期券を返却させて、はい終わりはないですね。

通勤手当等については、会社で自由に支給基準が決められるものですので、
退職等に対しても御社で決めるべきでしょう。

その方以外にも月の途中でやめられている方はいないのでしょうか？
前例があると思いますので、前例に従って対応するべきでしょうね。

今まで辞めた人は、返金しなかったのに、今回だけ返金となれば、従業員にとって不公平な扱いになります。
まずは、前例を確認、そのうえで、上司（社長）に確認。。

定期券の返金がある無しに関係はありません。