社内規定改定の手順について

就業規則の届け出については10人未満であれば必要ありません。
誰もがいつでも閲覧できるのであれば、就業規則として効力はあります。

以下は一部私見がはいります。。


車両手当の上限がこれまで3500円であり、4500円にするのであれば、その旨変更すればよいです。そして、過半数以上の労働者の意見を聞きます。車両手当の支給に関する要件が新たにあるようであればそれに従って改定すればよいかと思います。
規程がこれまでと変わるようであれば、規程を変えて、施行になることでよいかと思います。

>代表の感情次第で変わる事が多く改訂の明確な理由を共有しておりません。

何かしらの規程においては、労働者の不利益事項がないのであれば、随時説明してでもよいかと思いますが、不利益事項がある場合には、不利益となる者、個々に同意が必要です。代表者の一存だけで、変更はできません。


> 学歴も同じ（4年生大学卒。違いは私立か国立）年齢も同じです。
> 社内規定では基本給は労働契約書に明示するとあり、給与基準は記載されていません。
> それに2年間は旧金額の車両手当3500円でしたので個人的な気持ちとしては
> 先に入社された方に申し訳ない気持ちで不平等だなと感じます。

入社時期が同じでも、労働契約書は個人個人契約しているのであれば、給与金額においての規程がないのであれば、労働契約書の同意した金額がその方の給与になりますね。
また、今回の変更は、労働者にとって不利益変更ではないと考えますから、不平等とは考えません。



> 3）社内規定は2年前に正社員が初めて入社した際に作成し、社労士にも目を通してもらっている様子です。
> しかし作成日付→「この規則は平成　　年　　月　　日から施工する」のようにが空欄になっています。という事はそもそもこの社内規定が無効にはならないでしょうか？日付をあえて空欄にしているのは会社の都合の良いように変更し易い為と考えられます。

空欄については望ましくないです。
いつからこの規程が有効であるのかの根拠ですから。
施行後、改定した場合には、その改定した就業規則がいつから施行されているのわかるように、日にちは明記するべきです。


> 4）以上の内容から違法性はありますか？

もし、日付がないことから、施行されていないのであれば、規則が存在しない、になります。どうでしょうか。
就業規則がないと仮定するのであれば、労働基準法や労働契約法等に違反していないかどうかになりますが、金額が増えたこと、個人個人の労働契約書が異なることに違法性はないと考えます。
ただ、riseさんが給与を把握することはできるが個人の労働契約書を閲覧する権限がなければ、個人情報保護関連の法律に違反していないかどうかを確認してください。
社員10人未満ですと、就業規則がないことに違法性はありませんが、そもそも日付が空欄であれば、効力があるのかないのかの判断ができないです。