病気休暇中の給与

こんにちは。
御社の規定に依るというのが一番の回答になります。
上司の方と相談してきちんと決めた方が今後の為になります。
ちなみに当社の場合は

>> ○この場合、診断書が提出されたので当初から病気休暇として休暇届を受理したのですが、３０日分を有給休暇として当方で処理をしていもいいのでしょうか。

→　本人の承諾なしで変更はできません。
当社では、有給休暇を使い切れなかった分は私傷病特別休暇としてつかえるので、優先順位がつきます。
①私傷病特別休暇を使用
②消化したら、有給休暇を使用
③消化したら欠勤→数か月は会社の傷病手当支給
④消化したら健保の傷病手当申請
となります。


> ○基本的なことですが、同じ病気ですので１月の休暇日数と９月からの休暇日数を通算して考えていいものでしょうか。

→　当社は、1日でも復帰すればリセットされます。


> ○２ケ月というのは、一月を何日と考えればいいのでしょうか。この場合２期に分けて休暇を採っているので日数で一月３０日と考えればいいのでしょうか。

→　1か月という表現なら暦日と思います。
当社は暦日でカウントしてます。

これから精神疾患は多くなりそうです、規定の整備を万全にしたいものです。
かくいう当社も、事が起きてから部課長を交えてわいわいと決めることが多々あります。

有給休暇を使用するかどうかは、労働者の意思によりますので、
（時期指定権は労働者側にあり、事業者側にはないため）
会社が勝手に有休として処理することはできません。
有休で処理したいなら、労働者本人の同意を得てください。

病気療養中の給与については、
法的には支払っても支払わなくてもかまわないものとなっていますので、
これに関する法的規定はありません。
したがって、支払方法については事業所の規定によります。
通算するかどうかも御社の規定しだいです。

弊社では病気療養中の給与は支払われませんが、
私傷病による休職が一定期間を超えた場合に自然退職となる規定があるため、
復職してすぐに再度休職した場合などは、
休職期間を通算して判断することとなっています。
（リセットすると復職と休職を繰り返して延々と在籍することができてしまいますので、それを防止するため）

もし通算するか否かの規定がないようでしたら、
今までの慣例に準じるのが普通ですので、
過去にはどう処理されていたのか確認されるほうがいいでしょう。
いずれにせよ、今後のことも考えて、
こういったケースではどう処理するのか、
就業規則や給与規定に盛り込むのがベストだと思いますよ。

参考まで。