運送業の残業計算

ご質問のケースでは控除できないと思います。
割増賃金は、あくまで1日につき８時間を超えた労働時間に対して加算されるものです。
御社の残業手当は、労働時間から算出するものではなく、あくまで１５万円を基準に考えてらっしゃるようなので、これは時間外の割増賃金ではなく、家族手当などと同様の、文字通りの手当だと思われます。
割増賃金の算定の基礎から控除できる手当は、次のものとされています。
①家族手当
②通勤手当
③別居手当
④子女教育手当
⑤住宅手当
⑥臨時に支払われた賃金
⑦一ヶ月を超える期間ごとに支払われる賃金
以上です。（労基法第37条4項、労規則第21条より）