資格取得補助制度の課税について

給与課税の問題ですよね？

①業務に直接必要とされる資格等にかかる支出であれば、給与課税はありません。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/gensen/2588.htm
この場合気をつけなければならない点は、給与にプラスするような支出の方法は避けること。
会社が直接支払うことです。

②自己研鑽を目的とする資格の取得等については、どういう方法をとっても給与課税になると思います。

ご回答いただきありがとうございます。
非常にシンプルでわかりやすいご説明で、理解できました。

この内容にさらに被せてお伺いしたいのですが、
給与課税とならないケースで「業務に直接必要とされる」技能・知識・資格とあるのですが、この「業務に直接必要とされる」とは何を持って、判断されるのでしょうか？
各部門長の判断が適用になるのでしょうか？

例えば、規程に
①「所属長が業務に直接必要と判断する技能・知識・資格にかかる費用ついては、部門経費として全額補助する」
②「自己研鑽を目的とした技能・知識・資格にかかる費用ついては、全社経費として半額補助する。なお、その際の半額補助額にについては、源泉徴収を行う」
のように、記載し運用すれば問題ないのでしょうか？

お手数おかけいたしますが、ご回答いただければ幸いです。
よろしくお願いいたします。

ちょっと難しい問題になってきましたね。

まず、規定というものは作ればすべてが認められるというものではありませんよね。例えとしてあげられた①、②は会社と従業員との約束であって、決して税法を担保するものではありません。

各部門長の判断は一応の目安とはなるでしょうが、だからといって人それぞれの判断基準を持っていることを考えると、あくまで目安にしかならないと思います。
ですから少なくても、それがどういう資格で、どのように業務に生かされるのかを客観的に判断できる資料なども当然に用意しておかなければならないと思います。
自分たちが納得できると同時に、他の第三者（税務署）を納得させられるだけの資料があれば、当然に認められると思います。

税法で費用に認める、あるいは給与課税しないという裏側には、その資格等が直接的に会社の収益に対応するものであるからだと思われます。

これらのことを考慮して、全額補助の対象となる資格などを考えていかれてはいかがでしょうか？

ご回答ありがとうございます。

全額補助の対象となる資格を考えていきたいなとは思うのですが、それをあまり範囲を広げてしまうと予算の兼ね合いでなかなか…という点と、各プロジェクトごとに動いているので、業務に直結する資格や研修というのが、プロジェクト単位や個人単位で異なってしまうため、全社一律で定めるというのが、あまり実用的ではないかなという点がありまして…。
着地点がなかなか難しい話ですよね。

＞＞それがどういう資格で、どのように業務に生かされるのかを客観的に判断できる資料なども当然に用意しておかなければならないと思います。
自分たちが納得できると同時に、他の第三者（税務署）を納得させられるだけの資料があれば、当然に認められると思います。

とご回答いただきましたが、上記のように各プロジェクトや各個人ごとに業務に直結するか否か異なるので、全額補助に関しては、個別に対応する流れでいければベストだなと考えているのですが…。
たとえば、稟議書のフローのイメージで、資格や研修費用が業務に直結するという内容を書面に記載し、申請し、「所属長承認→管理部部長承認→（社長承認）」という流れで、立場の異なる複数の人間でチェックを行うことで、その妥当性に客観性を持たせられるのでは…と考えております。
このケースならば、第3者（税務署）に対して納得させられる内容になりますでしょうか？

度々お手数おかけいたしますが、ご教授いただければ幸いです。よろしくお願いいたします。

こんばんは。
結構大きな組織のようですね。

おっしゃるように、全社一律というのは無理がありますね。
総務の人が施行管理技師の資格を取得したり、営業の人が簿記の資格を取得する・・というのは（たぶん）あまり意味のない資格だと思います。
必要な人が必要な資格を取得してこそ、その資格が生きることになるでしょうから。

＞たとえば、稟議書のフローのイメージで、資格や研修費用が業務に直結するという内容を書面に記載し、申請し、「所属長承認→管理部部長承認→（社長承認）」という流れで、立場の異なる複数の人間でチェックを行うことで、その妥当性に客観性を持たせられるのでは…と考えております。

流れとしては、おおむねそれでいいのではないかと思います。（基本的には簡素な流れでいいと思いますけど）
付け加えれば、所属長承認の段階で資格に関するパンフレットや関係資料（外部発行のもの）の添付、またその資格を実際に取得した後でその実質的効果なども資料として残しておけば、フォローとしてプラスアルファの効果があるかもしれませんね。取りっぱなしの資格ではなく、それがどう生かされたかが一番重要なことでしょうから。

そう考えると、税務署対策などは二の次・・的な問題ですよね。
「この資格があったからこういう効果があった」と、ご自分たちが自信を持って、きちんと納得できるものでしたら、税務署なんか怖くはないですよ。

お礼のお返事が遅くなってしまい、申し訳ありません。

アドバイスをいただいたおかげで、提案も上手くいきそうです。
ご丁寧にご回答いただき、本当にありがとうございました。