振替休日について

ばーくんさんへ
当社における運用に関する考え方ですが、

> ①そもそも、休日勤務する際、振替休日を指定しなくてはいけないのでしょうか？（後日指定してもよいのでしょうか？）

振休申請ならば、絶対に事前に振替休日予定日を指定させます。
振替休日を指定することにより、その休日は出勤日（営業日）になります。
結果として出なければならなかった休日出勤（振休申請なし）ならば、その日は休日であり、代休を取得させたとしても、休日割増分については支払いはなければなりません。
給与実務とあわせて運用を考えてみてください。

> ②振替休日を先に取得し、後日休日勤務することは可能でしょうか？

この件も給与実務との関係の中で、煩雑にならない程度は運用で認めています。
③との関連もありますが、振替休日は同一給与計算期間内に取得することが望ましいとされていますが、実際問題として、給与計算期間の最後の日にイベントあり出勤しなければならない場合など、どこに振替るのかという問題もあり、当社においては２給与計算期間内としています（労基署な極力同一給与計算期間内に取得指導してくださいと言っていますが・・・）。
事前振替においては、イベント等でどうしても出勤しなければいけない場合等は部門内で出勤カレンダーを管理していただくことにしています。
当社のお恥ずかしい状況としては、事前に確定しておかなければ、体調不良で休んだ日を有休を使わずに振休とするための休日出勤を無理やりする社員がいるという状況です。

> ③振替休日を相当期間先の日（2ヶ月又は3ヶ月先の日）を指定することは可能でしょうか？

原則は同一給与計算期間ということで、先延ばしすると、一種の給与の後払いになるという見方をされます。

> ④振替予定日を変更することは可能でしょうか？

労働カレンダー上、振替予定日は休日ですので、その休日に対して再度振替申請を行うのは運用上は可能ですが、事務の煩雑さにもつながり、システム管理をしっかりした上で会社のポリシーとして「休みは休みで対応する」と周知しなければ納得感はないかもしれませんね。
以前の会社ではオリジナルの勤怠管理システムで振休を取得するまで管理できるようにし、労基署に説明したことはありますが、振休が溜まらないようにと指導を受けました。

> ⑤やむを得ず振替休日を取得することができなかった場合、その分休日勤務手当として支給すれば問題ないのでしょうか？（当該休日勤務日が指定休日の場合2割5分増し、法定休日の場合3割5分増しで）

考え方としては、振休予定日は休日ですので、その休日に休日出勤をしたと考えて手当支給すれば問題はありませんが、常態化しているとまたまた労基署の指導の対象になります。

現在もしくは以前の会社での労基署を意識した対応方法（考え方）でしたが、ご参考までに。

kassyさんへ

大変参考になりました。
ありがとうございました。

今後もよろしくお願いいたします。