通勤定期代がかわったのを知りませんでした

ぽこぽんさん　こんにちは
社内監査上からも、関係部署、支店内の従業員への諸費用の支払い確認も行っております。
ご質問の経緯ですが、よく起こり得ることです。

通勤定期代の支給要件は、就業規程及び通勤費用の支払いにい関する規則で管理することが必要です。ご承知と思いますが、通勤費用の負担は為す家為さないかは、先の規程規則に応じてなされれば良いことです。
ご質問の通勤手段等の変更がある場合はその規則に応じて変更などの手続きを求めることは本人に対しても会社側からの請求権の行使も可能です。
一番の手順は、やはり、規則内での変更手続きの報告、新たな申請を求めることが必要でしょう。
なを、ご質問の変更が確認できないまま、支給を行った場合ですが、その返還請求権の行使も可能と民法上も認めています。
確かに、さかのぼっての全額返還請求は難しいとも思いますが、一括ではなく、ある程度の月数で行うことも可能です。

通常通勤費用の支払いに関する規則内では、変更等に関する規則も為されています。

サンプル
（異動の届出義務、不正の届出）
第○条 通勤経路を変更するとき及び通勤距離に変更が生じたときは速やかに会社に届出なければならない。

第○条 前項の届出を怠ったとき、又は不正の届出により通勤手当その他の賃金を不正に受給したときは　その返還を求め、就業規則第○条（制裁の事由）に基づき、制裁処分を行なうことがある。

akijinさん

ご返信ありがとうございました。

おっしゃるような通勤費用の支払いに関する規則は弊社就業規則内にないのですが、賃金規程内に「誤算による過剰の賃金を受けた時は速やかにこれを返還しなければならない。」とあるので、これが準用できるのではないかと思います。

まあ、やんわりと支払ってもらうように話ししたいと思います。