労働者名簿の本来の意味

労働者名簿の本来の意味としては端的に申し上げれば「法律で定められているため」であり、ではその法律の趣旨は何なのかという問いとしては「会社が就業する従業員をちゃんと管理するため」です。

この「ちゃんと管理する」というのが、例えば住民税の支払いや、年末調整の際に居住地は必須ですし、緊急連絡先のためだったり通勤交通費請求・支給の際、通勤経路の妥当性の確認だったりで使用します。
実務上の労働者名簿（労働者の情報）の意義としては上記以外に細かいことを挙げればキリが無いほどあります。

全社員に提出させ直す方法論がいいか悪いかは別として、転勤先の住所を記載するのか、持ち家のある住所を記載するのかは住宅ローンの件や扶養等の税金の問題もあるため、「どっちでもいい」という回答はちょっと疑問ですね。

であれば、「居所：転勤先」「住所：住民票のあるところ」を記載して送ればいいと思います。

ひとつ申し上げたいのは、その従業員が住宅ローンを組んでいるとか、転勤先に住民票移してないとかまでは、その本人から申請がない限り、管理部では管理出来ないですよ。

労働基準法第１０７条により、会社は次の事項を記載した労働者名簿を作成しないといけません。

1;労働者の氏名
2;生年月日
3;履歴
4;性別
5;住所
6;業務内容（労働者の数が３０人未満の場合は記載しなくても構いません）
7;採用の年月日
8;退職（解雇）の年月日とその理由
9;死亡の年月日とその原因

労働者名簿は労働者の数に関係なく、全ての労働者（日雇労働者は除きます）について作成しないといけません。パートタイマーやアルバイトは免除されていませんので、日雇労働者以外の全ての労働者についても労働者名簿を作成する義務があります。また、労働者名簿の記載内容（住所や氏名など）に変更があったときは遅滞なく訂正しないといけません。
なお、労働者名簿の作成は労働基準法で義務付けられていることですので、労働者名簿がなかったり、記載内容に不備があると是正勧告の対象になることがあります。労働基準監督署の調査でも必ずチェックされる書類ですので不備のないようにして下さい。ちなみに、労働者名簿の作成義務（労働基準法第１０７条）違反については３０万円以下の罰金が定められています。
また、労働者名簿は労働基準法第１０９条により、労働者の退職、解雇又は死亡の日から３年間保存することになっています。そして、労働者名簿は各事業場ごとに作成することになっていますので、本社以外に支店等がある場合はそれぞれの事業場で作成し保管しておかないといけません。

最近は紙ではなくパソコンで管理するケースが増えていますが、労働者名簿もパソコンでの管理が認められています。ただし、認められるためには、必要事項が揃っている労働者名簿であって、各事業場でこれを直ぐに表示、印刷できることが条件となっています。

お話の単身赴任などでの住所ですが、「本社以外に支店等がある場合はそれぞれの事業場で作成し保管しておかないといけない」とされています。つまり、居住している先と認めざるを得ないと考えます。これも労基法での確認事項とみなしていますので、この点を人事：総務担当者にご説明されることが必要でしょう。

当社では労働者名簿は２年に１回全員再提出させています。
理由としては転居届けの提出忘れや電話番号の変更などの軽微な変更などを会社で把握するためです。
ただし、再提出の際には目的外使用の無いことを明記しておりますし、現状の労働者名簿の訂正という形で実施しています。これなら記入の手間もそれほどかかりませんし、第一管理する方も訂正があるところだけ修正するだけですのでラクだと思いますよ。
その点を担当者に伝えて次回からはお互い手間のかからない方法で実施するようにお願いしたら如何でしょうか？