休憩を取れない従業員について

確かに休憩時間のうち30分は業務を行っているのであれば、
その分の賃金を支給しなければならないでしょうし、
それにより労働時間が8時間を超えるようであれば、割増賃金も支払わなくてはならないでしょうね。
（従業員が勝手に休憩時間中に業務を行っている場合でも、
　会社がこれを黙認していれば、黙示の指揮下にあることとなり、労働時間に当たります）
しかしながら、会社側がこれを認めてしまっては、
労働基準法第34条違反が常態化することになりかねませんから、
そのような対応をすべきではないと思います。
あくまでもきちんと休憩時間が取れるような対策を取るべきです。
業務の関係で全員が一斉にお昼に1時間の休憩時間を取るのが難しいのであれば、
「一斉休憩の適用除外に関する労使協定」を結んで、お昼休憩をずらして取れるようにするという手もあります。

賃金のことより60分の休憩がきちんと採れていないほうが問題です。労動基準法でも
「実働6時間超で45分以上、実働8時間超で60分以上の休憩を与える」
ことが明記されています。恒常的な状態であるならばなんらかの対処が必要です。

希に休憩時間が30分しか採れない場合があるのなら、仰るように残りの30分は実働時間として扱う必要があります。8時間を超えるようならば、当然時間外手当が必要です。