１ヶ月単位の変形労働時間制について

ご質問は、どこへの「申請」のことを指しているのか、判然としません。

交代勤務者の1勤務8時間で週6勤務があるのであれば、変形労働時間制にしておかないと、週40時間を超過した時間は時間外労働として、割増賃金支払い義務を免れません。

1ヶ月単位の変形労働時間制(労基法32の2）に定めているのは、

・労使協定
・就業規則
・就業規則にかわるもの

にて、対象労働者、勤務時間、勤務日等をあらかじめ特定しておく必要があります。労使協定で締結した場合は労働基準監督署に届出（同32の2(2)）、就業規則の変更にあたるなら、同じく意見聴取のうえ届出。10人未満の事業所で、労使協定・就業規則によらない場合は、就業規則にかわるものとして書面にて定めることになります。

すでに締結した組合との協定には、交代勤務者を対象としていると、ご質問に言及されているにもかかわらず、変形労働に関する諸要素が抜けているのでしょうか？諸要素が網羅されているのであれば、あとは所轄労働基準監督署への届出となりますが、ご質問はこのことをさしているのでしょうか？

あと労働者への通知（月間勤務予定表）等は、変形労働時間制運用の要件を満たしていると思われます。交代勤務者以外は、所定労働時間が、日8時間週40時間を超えていないのであれば、対象とすることはないまま一部労働者(交代勤務者）のみの届出でもかまわないことになります。

いつかいりさん、どうもありがとうございます。
説明不足で漠然とした質問にも関らず、分かりやすかったです。

「申請」は、監督署への届出を意味しておりました。
申し訳ございませんでした。

その他のことについては、所轄の監督署へ相談しながら進めたいと思います。
また何かあった場合は、よろしくお願いいたします。