産業医の方への費用について。

お考えの通り、報酬は給与手当、交通費は旅費交通費という処理が、無難と思います。

http://www.nta.go.jp/shiraberu/zeiho-kaishaku/tsutatsu/kihon/shotoku/02/02.htm
上記ページの（非常勤役員等の出勤のための費用）９－５を参照。これに非常勤の産業医も含まれるものと思います。（高額支給なら、高額部分は給与所得。）

以下留意点です。

国税庁ＨＰ（産業医の報酬）には、「原則として給与収入」とあり、例外もあることを示唆しています。（産業医の方が給与所得と事業所得のいずれを予定しているのか、確認する方がよいかもしれません。）

交通費について、例えば労災保険の場合は通勤手当に含めなくてもよいのか疑問が残ります。

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労働保険料の申告では、対象に通勤手当を含めますが、その際この「交通費」を含めることが必要かどうかは、申し訳ありませんが存じませんという意味です。所得税法では旅費扱いとしても、他の法律も同じとは限りませんので。（答えがわかるまでは、含めないということでよいとは思います。）

なお、個人として受ける場合でも、給与所得以外の他の個人の所得（事業所得又は雑所得）に該当する場合があります。（一般には、雇用契約なら給与所得、そうでなければ事業所得等となります。産業医の方が既に他の事業所とも契約されていて、同じ契約フォームなら、その辺を念のために確認ができるのではと考えた次第です。）

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